Η απάντηση στο ερώτημά σου, παραπέμπει δυστυχώς σε Πυθία. Και λέω δυστυχώς γιατί δεν διασαφηνίζεται πουθενά στον Νόμο αλλά και η τροποποίηση του Παραρτήματος στο κομμάτι που ανέφερες (και τόνισες τα επίμαχα σημεία) ήρθε μόνο για να διχάσει τις γνώμες των μηχανικών.

Προσωπικά, όσο παράλογο κι αν είναι, τείνω προς την ερμηνεία 1. όσο βέβαια αφορά την απαίτηση ρύθμισης, με τη "λογική" ότι αφού δεν έχει γίνει ανάκληση της αδείας, είναι σε ισχύ, οπότε και τα πολεοδομικά μεγέθη που εξετάζουμε είναι σύννομα μ' αυτήν.
Όσο αφορά την έκδοση Βεβαίωσης δεν είμαι σίγουρος ακόμα αν θα την έδινα διότι το θέμα ανάγεται και σε νομικό πρόβλημα.
Επίσης αν ήμουν μηχανικός του πωλητή ίσως τελικά να τη έδινα, αν όμως ήμουν μηχανικός του αγοραστή, τότε θα τον απέτρεπα.

Κατά βάθος, αν νομοθετούσα, την περίπτωση αυτή θα την κατηγοριοποιούσα ως εξής: Εξ' ολοκλήρου αυθαίρετο με οικοδομική άδεια. (για τον υπολογισμό του προστίμου)